Το Φαρμακείο των Γιατρών του Κόσμου λειτουργεί από το 1991 και στεγάζεται στο ίδιο κτίριο με το Πολυιατρείο και τα γραφεία της Οργάνωσης.

Από τότε και ως σήμερα παρέχει ανελλιπώς δωρεάν φαρμακευτική αγωγή σε περισσότερους από 50 ασθενείς την ημέρα, πρόσφυγες, μετανάστες, αλλά και Ελλήνες, με περιορισμένη πρόσβαση στο σύστημα υγείας.

Το Φαρμακείο πλαισιώνεται από έμπειρους εθελοντές φαρμακοποιούς της Οργάνωσης που καθημερινά προσφέρουν τις υπηρεσίες τους. Επίσης, διαθέτει ευρύ φάσμα φαρμάκων, καλύπτοντας τις ανάγκες των περισσότερων ασθενών που επισκέπτονται το Πολυιατρείο.

Το ιατροφαρμακευτικό υλικό προέρχεται από δωρεές μελών της Οργάνωσης καθώς και εταιρειών που δραστηριοποιούνται στον κλάδο.

Το Φαρμακείο αποτελεί βασικό κομμάτι των αποστολών της Οργάνωσης στην Ελλάδα και το εξωτερικό.